OpenSafely: Η πλατφόρμα ανοιχτού κώδικα που βοηθά ερευνητές να κατανοήσουν τον COVID-19

[Δορυφορικα]

Ως ο μεγαλύτερος πάροχος υγειονομικής περίθαλψης στον κόσμο, το NHS διαθέτει έναν τεράστιο όγκο δεδομένων υγείας, στα οποία οι επιστήμονες και οι ερευνητές θα πρέπει να έχουν πρόσβαση προκειμένου να διευκολύνεται η ανακάλυψη μιας θεραπείας ή η πρόληψη ασθενειών. Οι επιστήμονες και οι ερευνητές δεν είχαν πάντα πρόσβαση στα δεδομένα των ασθενών του NHS, όσο θα ήθελαν. Όμως, η απειλή του COVID-19 ώθησε το NHS να θέσει το τεράστιο αποθετήριο δεδομένων στη διάθεση των επιστημόνων και των ερευνητών το συντομότερο δυνατό, προκειμένου να τους βοηθήσει να βρουν απαντήσεις σε ερωτήσεις, όπως γιατί ορισμένα άτομα είναι πιο πιθανό να πεθάνουν από τον ιό και αν τα φάρμακα που παίρνει ένας ασθενής ενδέχεται να έχουν παρενέργειες, είτε εμφανίζει σοβαρά συμπτώματα είτε όχι. Το OpenSafely, μια νέα πλατφόρμα ανοιχτού κώδικα που περιλαμβάνει αναλυτικά στοιχεία, έχει καταστήσει τα αρχεία υγείας δεκάδων εκατομμυρίων ανθρώπων στο Ηνωμένο Βασίλειο που έχουν υπάρξει στο NHS, διαθέσιμα για επιστήμονες κι ερευνητές στον αγώνα τους κατά του COVID-19. Μέσω της πλατφόρμας OpenSafely, οι επιστήμονες κι οι ερευνητές θα μπορούν να αναλύσουν τα ηλεκτρονικά αρχεία υγείας εκατομμυρίων ατόμων, σε μία προσπάθεια να κατανοήσουν τον COVID-19. Τα αρχεία περιέχουν τα πλήρη δεδομένα περίθαλψης 24 εκατομμυρίων ατόμων, ενώ θα προστεθούν σύντομα κι άλλα. Το λογισμικό ανάλυσης είναι ανοιχτό για έλεγχο ασφαλείας, επιστημονική αναθεώρηση και επαναχρησιμοποίηση. Το OpenSafely δημιουργήθηκε μέσα σε μόλις πέντε εβδομάδες από το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, τη Σχολή Υγιεινής και Τροπικής Ιατρικής του Λονδίνου και ιατρικές εταιρείες. Η NHS England ενεργεί ως υπεύθυνος επεξεργασίας δεδομένων. Ενώ η ιδέα της δημιουργίας μιας πλατφόρμας ανάλυσης στοιχείων όπως το OpenSafely ύπήρχε πριν τον COVID, η απειλή του ιού και η κατανόηση της αξίας των δεδομένων που κατέχει το NHS, ώθησαν τους οργανισμούς να θέσουν σε εφαρμογή το έργο.

Ζητήματα που αφορούσαν την ασφάλεια και το απόρρητο έχουν θέσει στο παρελθόν εμπόδια σε έργα για τα οποία έπρεπε να χρησιμοποιηθούν δεδομένα του NHS για έρευνα, λόγω του ότι πρόκειται για εξαιρετικά ευαίσθητα δεδομένα. Το OpenSafely χρησιμοποιεί μια σειρά από κλιμακωτούς πίνακες, καθένας από τους οποίους δίνει λίγες πληροφορίες για άτομα και οι ερευνητές δεν έχουν πρόσβαση για να εκτελέσουν ένα ερώτημα βάσης δεδομένων για τα δεδομένα ενός ασθενούς σε επίπεδο συμβάντος. Για να διατηρήσει τα δεδομένα των ασθενών του NHS όσο το δυνατόν πιο ασφαλή, το OpenSafely έχει μετατραπεί από ένα μοντέλο που βασίζεται στην εμπιστοσύνη σε ένα που βασίζεται σε αποδείξεις.

Οι επιστήμονες και οι ερευνητές θα μπορούν να αναλύουν τα δεδομένα του OpenSafely μόνο στο κέντρο δεδομένων που περιλαμβάνει τα ηλεκτρονικά αρχεία υγείας της εταιρείας. Αντί για το συνηθισμένο μοντέλο εξαγωγής συνόλων δεδομένων που οι ερευνητές εργάζονται τοπικά (και έτσι το εκθέτουν σε όλους τους τοπικούς κινδύνους ασφαλείας), όλη η ανάλυση πραγματοποιείται όπου βρίσκονται τα αρχεία και μόνο ερευνητικοί πίνακες μπορούν να εξαχθούν από ερευνητές.Το OpenSafely είναι επίσης διαθέσιμο με άδεια ανοιχτού κώδικα, με όλο τον κώδικα να δημοσιεύεται στο GitHub παράλληλα με τον ορισμό της μελέτης για την πρώτη μελέτη που εκτελείται στα δεδομένα.
Έργα όπως το OpenSafely θα μπορούσαν τελικά να βοηθήσουν την επιστημονική κι ερευνητική κοινότητα σε μια πιο ανοιχτή, λιγότερο ιδιόκτητη στάση με τα δεδομένα και την ανάλυσή τους. Ο τρόπος με τον οποίο η ομάδα έχει δημιουργήσει το OpenSafely έχει ως στόχο να ενθαρρύνει τους επιστήμονες και τους ερευνητές να μοιραστούν ό, τι κάνουν. Όταν οι χρήστες δημιουργούν μια λίστα κωδικών – μια λίστα ατόμων με μια συγκεκριμένη κατάσταση, για παράδειγμα – ή ένα αναλυτικό σενάριο, όλα κοινοποιούνται στο GitHub.

Δεν χρειάστηκε πολύς χρόνος για να αποφέρει το OpenSafely τον πρώτο του καρπό. Σύμφωνα με μια μελέτη 17 εκατομμυρίων αρχείων που δημοσιεύτηκε τον περασμένο μήνα, άτομα από “μαύρο και ασιατικό υπόβαθρο” κινδύνευαν περισσότερο να πεθάνουν από τον COVID-19. Προσδιόρισε επίσης βασικούς παράγοντες κινδύνου για θάνατο από COVID-19, συμπεριλαμβανομένου του να είσαι άνδρας, ηλικιωμένος ή να έχεις σοβαρό άσθμα ή κακώς ελεγχόμενο διαβήτη. Το OpenSafely μπόρεσε να περάσει από την δοικμή στην πρώτη έρευνα μέσα σε λίγες εβδομάδες, χρησιμοποιώντας μια ομάδα που περιελάμβανε προγραμματιστές-επιδημιολόγους. Αναμένεται ότι τα δεδομένα του OpenSafely θα χρησιμοποιηθούν για να βοηθήσουν στην απάντηση ερωτήσεων σχετικά με το πόσο αποτελεσματικές είναι οι προτεινόμενες θεραπείες για τον COVID-19, με τους παράγοντες κινδύνου για την ανάπτυξη σοβαρών συμπτωμάτων, με το πώς μπορεί να εξαπλωθεί ο ιός, με το πόσο αποτελεσματική είναι η παρέμβαση στη δημόσια υγεία και με απρόσμενες επιπτώσεις στην υγεία που προκαλούνται από τον ιό, όπως καθυστερημένες παραπομπές για καρκίνο ή εμβολιασμούς. Υπάρχουν επίσης σχέδια για μια δεύτερη φάση του έργου, που δεν θα περιορίζεται μόνο στον COVID-19.

Let's block ads! (Why?)

Πηγή Είδησης